《东京食尸鬼》第二季延续了第一季的故事线，讲述了在东京发生的一系列食尸鬼事件。第二季主要围绕着金木研和他的朋友们展开，他们不仅要面对来自食尸鬼组织的威胁，还要面对自己内心的挣扎和矛盾。
在第二季中，金木研逐渐接受了自己的食尸鬼身份，并开始学会控制自己的食欲。与此同时，他也加入了反食尸鬼组织CCG，与其他猎人们一起对抗食尸鬼组织Aogiri Tree。在这场激烈的斗争中，金木研不仅要保护自己的朋友，还要保护整个东京不受食尸鬼的侵害。
在情节发展中，金木研和他的朋友们也经历了许多困难和挑战，包括内部矛盾、友情的考验以及对人类和食尸鬼之间的道德选择。最终，他们将面对一个更加危险的敌人，而金木研也将不得不做出艰难的选择，来决定自己的命运。